在22世纪晚期，“极光”号采矿船被地球的阿尔特拉集团发射，前往行星4546B执行采矿与勘探任务。实际上，极光号还携带着一个大多数船员都不知道的使命——救援“德加斯”号的幸存者。然而在极光号在穿越4546B的大气层时遭到不明武器攻击，坠毁在了4546B的海洋中。游戏主角则乘坐逃生舱成功脱险，当主角爬出逃生舱时才发现整个星球都被水覆盖着，于是主角在深海中的生存与探索就由此展开了……

深海迷航具有高度的自由性和建造性，玩家可自由建造自己的基地，并且定制各种家具和标签，种植养殖各种动植物。并且游戏专门设立了建造模式，建造的趣味性甚至会让一部分玩家不想通关剧情，沉迷于建造和经营。

在游戏里也可以驾驶不同的潜水载具，携带各种装备，自由穿梭于广阔无限的海底，扫描识别所发现的动植物，探索神秘又充满危险的海底世界。也是对有深海恐惧症的人的一种挑战。

游戏剧情的丰富性也是深海迷航的一大特色。